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Le fonctionnaire d’État originaire de Mayotte qui exerce ses fonctions en métropole peut bénéficier d’un congé dit congé spécifique, comparable au congé bonifié.

Le fonctionnaire hospitalier peut bénéficier du congé bonifié classique.  

Le fonctionnaire territorial est exclu du bénéfice de ces congés.

Le congé spécifique des fonctionnaires d’État est un congé d’une durée maximale de 30 jours qui s’ajoute aux 25 jours de congés annuel légaux. La durée totale du congé est donc de 65 jours comme le congé bonifié.

Le fonctionnaire d’État peut en bénéficier tous les 3 ans : il doit justifier de 36 mois de services ininterrompus entre chaque congé spécifique. 

Le fonctionnaire bénéficie de la prise en charge par son administration de ses frais de voyage aller / retour en tarif économique ainsi que des frais de voyage de ses enfants à charge.

Les frais de voyage de son conjoint, concubin ou partenaire pacsé sont également pris en charge par l’administration : 

• si les ressources de son conjoint, concubin ou partenaire pacsé sont inférieures à 1.486,32 € brut par mois (traitement correspondant à l'indice brut 340),
• ou si la somme du traitement indiciaire brut du fonctionnaire et des ressources de son conjoint, concubin ou partenaire pacsé ne dépasse 5.502,12 € par mois.

Les personnels des établissements d'enseignement doivent prendre leur congé spécifique pendant les vacances scolaires d'été et la durée totale de leur absence ne doit pas dépasser la durée de ces vacances.

Les fonctionnaires d’État bénéficiaires du congé spécifique et les fonctionnaires hospitaliers bénéficiaires du congé bonifié ne bénéficient pas de l’indemnité de cherté de vie.